Varkensgriep heeft slechts een halve genetische markering in de vorige pandemische stammen


Varkensgriep heeft slechts een halve genetische markering in de vorige pandemische stammen

De nieuwe H1N1-"varkensgriep" stam die zich verspreidt over de hele wereld en bijna op pandemisch waarschuwingsniveau heeft, heeft slechts de helft van de belangrijkste genetische markers gevonden in eerdere pandemische stammen, bovengenoemde Amerikaanse onderzoekers gisteren.

Jonathan Allen en Tom Slezak van Lawrence Livermore National Laboratory, een US Department of Energy lab in Livermore, Californië, en collega's, publiceerde een studie in het open access journal BMC Microbiologie 2 weken geleden beschreef ze hoe ze 34 geconserveerde aminozuurmarkeringen van vroegere pandemische griepstammen vonden.

Sindsdien hebben ze sequenties geanalyseerd uit het nieuwe H1N1-virus en bleek dat het slechts de helft van de 34 markers heeft.

Slezak waarschuwde echter dat, terwijl hun bevinding sugggests dat de huidige H1N1 stam niet veel van de attributen heeft die vroeger uitbraken dodelijk hebben gemaakt, het gebrek aan gelijkenis met die stammen niet betekent dat het geen groot probleem zal zijn.

Allen en Sleazak hebben ook gezegd dat er meer onderzoek nodig was voordat we kunnen zeggen hoe gevaarlijk de nieuwe stam daadwerkelijk kan zijn.

In hun oorspronkelijke studie gebruikte Allen en Sleazak en collega's omgekeerde engineering principes om te zoeken naar klassieke specifieke aminozuurmutaties die in vroegere pandemieën werden behouden.

Om dit te doen hebben ze "proteomen" van vroegere pandemische virusstammen gebruikt: een voorspelling is de volledige verzameling aminozuren die worden gemaakt wanneer alle genen in een organisme worden uitgedrukt. Dus in feite wat ze deed was, scannen alle bouwstenen van eiwitten dat alle genen van eerdere pandemische stammen uitgedrukt en op zoek waren naar herhaalde patronen over de stammen.

Ze vonden 34 aminozuurmarkeringen die gekoppeld waren aan gastheerspecificiteit en hoge mortaliteit. Sommige van de markers betekende weinig op zichzelf, maar in combinatie met "andere mutaties verbeterden ze de voorspelling van de klas", vonden ze.

"Evolutionaire trajecten waarbij H1N1 menselijke en zwijnstammen worden gemengd met vogelstammen, tonen het potentieel om de pandemische markers te verwerven met een dubbele reassortment en een of twee aminozuurmutaties," schreven ze.

De bevindingen kunnen belangrijke implicaties hebben voor hoe bewakingsinstrumenten nieuwe mutaties effectiever kunnen opsporen en het "potentieel voor reassortiment en mutatie-gebeurtenissen kunnen illustreren om nieuwe circulerende influenzastammen te ontwikkelen", aldus Allen en Sleazak.

"Geconserveerde aminozuur markers uit vroegere influenza pandemische stammen."

Jonathan E Allen, Shea N Gardner, Elizabeth A Vitalis en Tom R Slezak.

BMC Microbiology2009, 9:77

Gepubliceerd: 22 april 2009

doi: 10,1186 / 1471-2180-9-77

Extra bron: Biomed Central.

My philosophy for a happy life | Sam Berns | TEDxMidAtlantic (Video Medische En Professionele 2019).

Sectie Kwesties Op De Geneeskunde: Ziekte